Por medio de la circular 002 del 5 de Mayo de 2005 se establecen los criterios del proceso de selección de la Unidad de Información y Análisis Financiero. Este consta de diferentes etapas fundamentales que garantizan una selección bajo los principios de mérito, moralidad, transparencia y objetividad. El proceso suministra un diagnóstico y un pronóstico, es decir que se identifican características laborales, personales, familiares, académicas y un esquema de lo que puede llegar a ser la persona en el cargo al que aspira.
De acuerdo con la Ley 526 de 1999 todos los funcionarios de la Entidad son de libre nombramiento y remoción.